VWO: Voorbereidend Wetenschappelijk Onderwijs
Het Vwo duurt zes jaar. Het is in de eerste plaats bedoeld voor die leerlingen die later hun studie willen voortzetten aan een universiteit. Maar ook het Hoger Beroeps Onderwijs is een keuze van veel Vwo-leerlingen. De leerlingen die voor het Vwo kiezen kunnen vanaf het tweede leerjaar Latijn volgen en hierin examen afleggen. De Vwo-opleiding is in Holten. De eerste leerjaren van het Vwo worden ook in Goor aangeboden.

HAVO: Hoger Algemeen Voortgezet Onderwijs
Het Havo duurt vijf jaar. Het is bedoeld als vooropleiding voor het Hoger Beroeps Onderwijs (HBO). Er zijn natuurlijk meer mogelijkheden voor vervolgonderwijs. Zo studeert een aantal leerlingen na het behalen van het diploma verder aan het Middelbaar Beroeps Onderwijs. De Havo-leerling kan alle leerjaren van het Havo-onderwijs in Holten volgen; in Goor kunnen de eerste leerjaren worden gevolgd.

Met ingang van 1 augustus 1999 is de tweede fase van het voortgezet onderwijs van start gegaan. Deze onderwijsvernieuwing omvat zowel een inhoudelijke als een didactische verandering. 
Het inhoudelijk deel houdt in dat er niet meer gewerkt wordt met vakkenpakketten, die betrekkelijk willekeurig konden worden samengesteld, maar met profielen.
Het gehele vernieuwde lespakket bestaat uit drie delen:
- het algemene deel met vakken die voor iedereen verplicht zijn;
- het profieldeel met een aantal op de vervolgopleiding gerichte
specifieke vakken;
- het vrije deel waarin een aantal studie-activiteiten en een keuzevak
zijn opgenomen.

De vier profielen die gekozen kunnen worden zijn:
- Cultuur en Maatschappij (C&M)
- Economie en Maatschappij (E&M)
- Natuur en Gezond (N&G)
- Natuur en Techniek (N&T)

Een tweede aspect van de inhoudelijke verandering is dat de leerling werkt met studielasturen. Onder studielast wordt verstaan het totaal aan tijd dat de gemiddelde leerling aan zijn studie moet besteden om tot een positief resultaat te komen. Per leerjaar is die studielast vastgesteld op 1600 klokuren. Hieronder zijn begrepen de uren op school (contacturen genoemd) en de uren die de leerling aan zijn huiswerk besteedt.
De didactische verandering houdt in dat de leerling veel zelfstandiger moet gaan werken en studeren. Het aantal contacturen per vak (vroeger lesuren) is verminderd en ze zijn vooral bedoeld om de leraar uitleg te vragen bij problemen met de zelfstandig bestudeerde leerstof. De leraar zal steeds minder aan de gehele klas iets uitleggen doch zich meer op de individuele leerling richten.

De Waerdenborch heeft ervoor gekozen in het vierde leerjaar van het Havo direct met de vier profielen te gaan werken maar in het vierde leerjaar van het Vwo de definitieve keuze uit te stellen. In 4 Vwo worden twee stromen aangeboden nl. een M(aatschappij)-stroom, die correspondeert met de profielen C&M en E&M, en een N(atuur)-stroom die correspondeert met de profielen N&G en N&T. Aan het eind van 4 Vwo kiest de leerling dan zijn definitieve profiel.

Gedetailleerde informatie over de profielen en de stromen wordt via verschillende kanalen aan ouders en leerlingen verstrekt: ouder-voorlichtingsavonden, studielessen en het boekje 'Keuzespecial'.